Genetic data from the largest blood-based prospective study of a Latin-American population are now available securely to academic researchers worldwide through the DNAnexus Trusted Research Environment (TRE).
The Mexico City Prospective Study is a collaboration between the National Autonomous University of Mexico (UNAM) and Oxford Population Health. It includes data from over 150,000 Mexican adults who were recruited between 1998 and 2004. Participants provided information about their lifestyles and disease history, had physical measurements recorded, and provided blood samples. A resurvey of 10,000 surviving participants captured how lifestyles, physical and biological measurements, and treatments for disease, had changed over time.
Genetic data were made available to researchers in Mexico on 1 May 2023 thanks to a collaboration with DNAnexus and Amazon Web Services (AWS). Researchers worldwide can now apply to access these data, available exclusively via the secure cloud platform built and managed by DNAnexus, to advance their research into how social, lifestyle, physical, metabolic, and genetic factors influence health outcomes in Mexican adults.
Professor Jesús Alegre-Díaz, Professor of Epidemiology at UNAM and Study Principal Investigator said ‘Extended access to the genetic data collected by the Mexico City Prospective Study will advance medical research in Mexico and help to solve some of the most pressing health challenges faced by the world today. Researchers worldwide now have a unique opportunity to access data from individuals of non-European ancestry. This is a major contribution towards increasing diversity in genetic studies.’
People with Latino ethnic backgrounds make up less than 1% of all individuals included in genetic research, despite representing 10% of the global population. To help bridge this gap, the study team generated genotype and exome-sequencing data for 140,000 participants in the study and produced whole-genome sequencing data for 9,950 participants.
Professor Jonathan Emberson, Professor of Medical Statistics and Epidemiology at Oxford Population Health and UK Principal Investigator for the Mexico City Prospective Study, said ‘MCPS is one of the largest blood-based prospective studies in a Latin-American population, and represents one of the most extensive sequencing studies in individuals of non-European ancestry.
‘We’re delighted that data from the study will now be available to a broader range of researchers from different countries. The information is rich and vital, an invaluable resource for improving our understanding of how disease affects different populations and supporting the development of healthcare policies and treatments that could benefit a wider range of people.’
Thomas Laur, Chief Executive Officer of DNAnexus, said ‘Genomic datasets are too large and complex for most organisations to efficiently manage, process and analyse. Our cloud-based precision health platform was purpose-built to address these challenges by enabling researchers from around the world to securely and compliantly collaborate and analyse multi-omic datasets at scale. At DNAnexus we are committed to making precision health available to all, which is why we are proud to be the platform powering this critically important initiative that promises to advance the representation of Latin-American populations across the healthcare continuum going forward.’
Previous major findings from the study include the much larger than expected effect of diabetes on premature death, and the discovery of rare genetic mutations that are associated with protection against obesity.
Mashaal Sohail, Associate Professor at the UNAM Centre for Genomic Sciences, said ‘We have been accessing the Mexico City Prospective Study dataset through DNAnexus for multiple projects to understand the genetic architecture of complex traits and diseases in Mexico, the interactions between genotype and environmental factors, and the role of archaic introgression in Mexicans and their trait variation.
‘The server provides an excellent resource to work with such a large dataset and to streamline genetic analyses. Moreover, the Mexico City Prospective Study and DNAnexus teams have also held workshops to help with training the students for effective use of the dataset and best practices on the platform.’
Researchers are able to apply for access to the Mexico City Prospective Study genetic data on the DNAnexus platform. Access to this data is not available to researchers from commercial organisations. To find out more about accessing any data from the Mexico City Prospective Study, and how the study protects participant data and helps to build research capacity, visit the study webpages.
Datos genéticos latinoamericanos disponibles para investigadores de todo el mundo
Los datos genéticos del estudio prospectivo con muestras de sangre más grande en una población latinoamericana ya están disponibles, previa solicitud, para investigadores académicos de todo el mundo.
El Estudio Prospectivo de la Ciudad de México es una colaboración entre la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y Oxford Population Health. Incluye datos de más de 150,000 adultos mexicanos que fueron reclutados entre 1998 y 2004. Los participantes proporcionaron información sobre su estilo de vida e historial médico, se les realizaron mediciones físicas y donaron muestras de sangre. Una reencuesta a 10,000 participantes supervivientes capturó como los estilos de vida, las mediciones físicas y biológicas, y los tratamientos a enfermedades, cambiaron durante el tiempo.
Gracias a una colaboración con DNAnexus y Amazon Web Services (AWS), los datos genéticos han estado disponibles para investigadores en México desde el 1 de mayo de 2023. Ahora, investigadores de todo el mundo ya pueden solicitar acceso a estos datos, disponibles exclusivamente a través de una plataforma en la nube y segura que es desarrollada y mantenida por DNAnexus, para que puedan investigar cómo los factores sociales, de estilo de vida, físicos, metabólicos y genéticos influyen en las principales causas de muerte en adultos mexicanos.
Jesús Alegre-Díaz, profesor de Epidemiología en la UNAM e Investigador Principal del estudio, dijo: "El acceso ampliado a los datos genéticos recolectados por el Estudio Prospectivo de la Ciudad de México impulsará la investigación médica en México y ayudará a resolver algunos de los retos de salud más urgentes que enfrenta el mundo hoy en día. Los investigadores de todo el mundo ahora tienen una oportunidad única de acceder a datos de individuos de ascendencia no europea. Esto representa una contribución importante para aumentar la diversidad en los estudios genéticos."
Las personas de origen latino representan menos del 1% de todos los individuos incluidos en la investigación genética, a pesar de constituir el 10% de la población mundial. Para ayudar a cerrar esa brecha, el equipo del estudio generó datos de genotipificación y secuenciación del exoma para 140,000 participantes del estudio, y produjo datos de secuenciación del genoma completo para 9,950 participantes.
Jonathan Emberson, profesor de Estadística Médica y Epidemiología en Oxford Population Health e Investigador Principal del estudio en Reino Unido, dijo: "El Estudio Prospectivo de la Ciudad de México es uno de los estudios prospectivos con muestras de sangre más grandes en una población latinoamericana, y representa uno de los estudios de secuenciación más extensos en individuos de ascendencia no europea.
"Estamos muy contentos de que los datos del estudio ahora estarán disponibles para una gama más amplia de investigadores de distintos países. La información es rica y vital, un recurso invaluable para mejorar nuestra comprensión de cómo las enfermedades afectan a diferentes poblaciones y para apoyar el desarrollo de políticas de salud y tratamientos que puedan beneficiar a una espectro más amplia de personas."
Thomas Laur, director ejecutivo de DNAnexus, señaló: "Los datos de estudios genómicos son demasiado grandes y complejos para que la mayoría de las organizaciones puedan gestionarlos, procesarlos y analizarlos de manera eficiente. Nuestra plataforma de salud de precisión basada en la nube fue diseñada específicamente para abordar estos desafíos, permitiendo que investigadores de todo el mundo colaboren y analicen conjuntos de datos multi-ómicos a gran escala de forma segura y conforme a las normativas. En DNAnexus estamos comprometidos con hacer que la salud de precisión sea accesible para todos, por lo que nos enorgullece ser la plataforma que impulsa esta iniciativa tan importante, la cual promete mejorar la representación de las poblaciones latinoamericanas a lo largo del continuo de atención médica en el futuro"
Entre los hallazgos más importantes del estudio se encuentran el efecto mucho mayor de lo esperado de la diabetes en la muerte prematura, y el descubrimiento de mutaciones genéticas raras asociadas con la protección contra la obesidad.
Mashaal Sohail, profesora asociada en el Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM, dijo: "Hemos estado accediendo a los datos del Estudio Prospectivo de la Ciudad de México a través de DNAnexus para múltiples proyectos enfocados en entender la arquitectura genética de rasgos complejos y enfermedades en México, las interacciones entre el genotipo y los factores ambientales, y el papel de la introgresión arcaica en los mexicanos y su variación de rasgos.
“El servidor proporciona un recurso excelente para trabajar con datos tan grandes y para facilitar los análisis genéticos. Además, los equipos del Estudio Prospectivo de la Ciudad de México y DNAnexus han organizado talleres para capacitar a los estudiantes en el uso efectivo de los datos y en las mejores prácticas en la plataforma."
Los investigadores pueden solicitar acceso a los datos genéticos del Estudio Prospectivo de la Ciudad de México en de la plataforma DNAnexus. El acceso a estos datos no está disponible para investigadores de organizaciones comerciales. Para obtener más información sobre cómo acceder a los datos del Estudio Prospectivo de la Ciudad de México, cómo se protege la información de los participantes y cómo el estudio contribuye a fortalecer las capacidades de investigación, visita las páginas web del estudio.