Researchers at the National Autonomous University of Mexico (UNAM), Oxford Population Health, Abbvie, AstraZeneca, and Regeneron Genetics Center have published an analysis of genetic data from over 140,000 Mexican adults who participated in the Mexico City Prospective Study (MCPS). The results of the analysis demonstrated the importance of conducting genetic studies in diverse populations. The analysis is published in Nature.
People with Hispanic and Latino ethnic backgrounds make up less than 1% of all individuals included in genetic research, despite making up 10% of the global population. While recent initiatives that target specific populations or involve large biobank studies have increased the number of Hispanic/Latino individuals included in genetic research, a wide gap remains.
To help bridge this gap, the researchers have generated genotype and exome-sequencing data for 140,000 participants in the study and produced whole-genome sequencing data for 9,950 participants, representing one of the most extensive sequencing studies in individuals of non-European ancestry and a major contribution towards the goal of increasing diversity in genetic studies. This data is currently exclusively available to researchers based in Mexico who can submit an open data access request via the MCPS webpage.
Professor Roberto Tapia-Conyer, Mexico Co-Principal Investigator of the MCPS, said ‘This work provides an important foundation for future genetic studies in Mexico and in the United States, where the Hispanic and Latino populations are predominantly of Mexican descent, to bridge gaps in genetic resources and enable the development of medicines suitable for these populations. The genetic data from MCPS participants have already been able to demonstrate that rare variants in genes essential for metabolic health can dramatically increase risk for obesity and type 2 diabetes. Rare damaging variants in the obesity-associated gene MC4R – which regulates appetite - are more than seven times more prevalent in Mexico than in the United Kingdom. This opens up new avenues for research which could also improve health outcomes in other populations.’
Dr. Jason Torres, University of Oxford genetic epidemiologist and co-author, said ‘This study reveals complex patterns of relatedness and genetic ancestry present in the MCPS cohort, which enables a wide array of genetic discovery analyses. Moreover, our analysis of exome and whole-genome sequencing data have uncovered over 31 million genetic variants that have not been previously found in any existing genetic database. The resources created by this effort – which includes a variant browser, imputation panel, and cloud-based researcher computing server – will advance genetic discovery in Mexico, particularly for Mexico-based researchers. ’
Jonathan Marchini, Head of Statistical Genomics and Machine Learning at the Regeneron Genetics Center, said ‘Genetic databases function best when they reflect humanity’s broad spectrum of ethnic, racial and genetic diversity so we can better understand how diseases affect certain populations. By increasing our data on Hispanic and Latino ancestry, we can work toward deeper understanding of their genetics, and ultimately better health outcomes. This study can serve as a blueprint for obtaining new insight into the complex genetic architecture of other diverse populations.’
The MCPS is a long-standing collaboration between researchers at UNAM and Oxford Population Health. 150,000 volunteers from two districts in Mexico City were recruited between 1998 and 2004 and provided information about their lifestyle and disease history, had physical measurements recorded (including weight, waist and hip circumference, blood pressure) and had a blood sample taken. A resurvey of 10,000 surviving participants (2015 - 2019) captured how lifestyles, physical and biological measurements and treatments for disease have changed over time. All participants are tracked for cause-specific mortality through health records. Genotyping, exome sequencing and WGS was funded through an academic partnership among the National Autonomous University of Mexico, the University of Oxford, Regeneron, AstraZeneca and Abbvie. Data from the study are available for open-access data requests (see the MCPS webpage).
El perfil genético realizado por el Estudio Prospectivo de la Ciudad de México resalta el valor de los estudios genéticos en poblaciones diversas
Investigadores de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Oxford Population Health, Abbvie, AstraZeneca y Regeneron Genetics Center han publicado un análisis de los datos genéticos de más de 140,000 adultos mexicanos que participaron en el Estudio Prospectivo de la Ciudad de México (MCPS). Los resultados del análisis resaltan la importancia de realizar estudios genéticos en poblaciones diversas. Estos análisis han sido publicados en Nature.
Las personas de origen étnico hispano y latino representan menos del 1% de todos los individuos incluidos en investigación en genética, a pesar de representar el 10% de la población mundial. Si bien iniciativas recientes dirigidas a poblaciones específicas o que involucran grandes estudios de biobancos han aumentado el número de individuos hispanos/latinos incluidos en investigación en genética, aún existe una gran brecha.
Para ayudar a cerrar esta brecha, los investigadores generaron datos de secuenciación del genotipo y del exoma en 140,000 participantes en el estudio y produjeron datos de secuenciación del genoma completo para 9,950 participantes, lo que representa uno de los estudios de secuenciación más extensos en individuos de ascendencia no europea y una contribución importante al objetivo de aumentar la diversidad en estudios genéticos. Por el momento, el acceso a estos datos está disponible exclusivamente para investigadores basados en México, quienes pueden enviar una solicitud de acceso a datos abiertos a través de la página web de MCPS.
El Prof. Roberto Tapia-Conyer, coinvestigador principal de MCPS en México, dijo: ‘Este trabajo proporciona una base importante para futuros estudios genéticos en México y Estados Unidos, donde las poblaciones hispana y latina son predominantemente de ascendencia mexicana, para cerrar brechas en recursos genéticos y permitir el desarrollo de medicamentos adecuados para estas poblaciones. Los datos genéticos de los participantes de MCPS ya han podido demostrar que variantes raras en genes esenciales para la salud metabólica pueden aumentar drásticamente el riesgo de obesidad y diabetes tipo 2. Por ejemplo, variantes raras y dañinas en el gen MC4R, que está asociado con la obesidad y que regula el apetito, son más de siete veces más frecuentes en México que en el Reino Unido. Esto abre nuevas vías de investigación que también podrían mejorar los resultados de salud en otras poblaciones’.
El Dr. Jason Torres, epidemiólogo genético y coautor de la Universidad de Oxford, dijo: ‘Este estudio revela patrones complejos de parentesco y ascendencia genética presentes en la cohorte MCPS, lo que permite realizar una amplia gama de análisis genéticos. Además, nuestro análisis de los datos de secuenciación del exoma y del genoma completo ha descubierto más de 31 millones de variantes genéticas que no se habían encontrado previamente en ninguna base de datos genética existente. Los recursos creados por este esfuerzo, que incluyen un buscador de variantes, un panel de imputación y un servidor informático para investigadores basado en la nube, impulsarán el descubrimiento genético en México, particularmente para los investigadores radicados en México.'
Jonathan Marchini, Jefe de Genómica Estadística y Aprendizaje Automático del Centro de Genética Regeneron, dijo: ‘Las bases de datos genéticas funcionan mejor cuando reflejan el amplio espectro de diversidad étnica, racial y genética de la humanidad para que podamos comprender mejor cómo las enfermedades afectan a ciertas poblaciones. Al aumentar nuestros datos sobre la ascendencia hispana y latina, podemos trabajar para lograr una comprensión más profunda de su genética y, en última instancia, mejores resultados de salud. Este estudio puede servir como modelo para obtener nuevos conocimientos sobre la compleja arquitectura genética de otras poblaciones diversas.’
MCPS es una colaboración entre investigadores de la UNAM y Oxford Population Health. Este estudio reclutó a 150,000 voluntarios de dos distritos de la Ciudad de México entre 1998 y 2004 y recolectó información sobre estilos de vida e historial de enfermedades. Además, se registraron medidas físicas (incluido el peso, la circunferencia de cintura y cadera, y la presión arterial) y se obtuvieron muestras de sangre. Una nueva encuesta de 10,000 participantes supervivientes (2015 - 2019) capturó cómo los estilos de vida, las mediciones físicas y biológicas y los tratamientos para las enfermedades cambiaron con el tiempo. A todos los participantes se les realiza un seguimiento de la mortalidad por causas específicas a través de registros médicos. La genotipificación, la secuenciación del exoma y la del genoma completo se financiaron a través de una asociación académica entre la Universidad Nacional Autónoma de México, la Universidad de Oxford, Regeneron, AstraZeneca y Abbvie. Los datos del estudio están disponibles para solicitudes de datos de acceso abierto (consulte la página web de MCPS).